O Palácio de São Bento tem as suas origens no primeiro mosteiro beneditino edificado em Lisboa, remontando a sua construção ao ano de 1598. Posteriores alterações significativas na sua localização original foram efectuadas por necessidade de mais espaço para albergar uma comunidade religiosa em crescimento, assim como por motivos de salubridade e desejo de maior proximidade com o núcleo urbano e seus fiéis.

Terá sido em 1615 que a Ordem escolheu o local definitivo para a instalação da irmandade dos monges de hábito negro, numa quinta adquirida a Antão Martines, onde se encontrava a Casa de Saúde para acolhimento dos pestíferos vitimados pelo surto de 1569.

O novo mosteiro de São Bento da Saúde, ou dos Negros, foi, com efeito, aí construído segundo projecto inicial de Baltasar Álvares, continuado, após a morte deste, pelos frades Pedro Quaresma e João Turriano, satisfazendo agora as necessidades das novas práticas do culto religioso resultantes da reforma beneditina e do Concílio de Trento.

O edifício, mais complexo, auto-suficiente e extenso que o primeiro em termos estruturais e espaciais, assentava numa planta quadrada com quatro claustros, uma igreja com capelas laterais, ladeada por duas torres, dormitórios, barbearia, cozinha, refeitório, adegas, lagar, forno e oficinas.

Ainda não haviam sido terminadas as obras quando o convento sofreu alguns danos com o terramoto de 1755. Porém, foi com a Revolução Liberal de 1820 e a extinção das ordens religiosas em 1834 que a vida conventual sofreu a grande derrocada, sendo o edifício afecto à instalação do Palácio das Cortes, ou Parlamento.

Foi, então, entregue ao arquitecto Possidónio da Silva a responsabilidade de uma abreviada adaptação do espaço religioso às necessidades do novo propósito laico político, sendo aproveitada a Sala do Capítulo para instalação da Câmara dos Pares e feita de raiz a Câmara dos Deputados.

Só em 1867 o arquitecto Jean François Colson projectou a verdadeira reformulação da primeira sala, tornando-a mais funcional e digna da nova utilização.

Com o incêndio de 1895 revelou-se urgente a reconstrução, tendo, para tal, sido aberto concurso que seleccionou o projecto de Miguel Ventura Terra que, caracterizado por uma estética neoclássica, este acabaria por remodelar não apenas a sala, quase todo o edifício, conferindo-lhe uma dimensão monumental, bem distante do discreto estilo-chão conventual, como convinha à importância do órgão parlamentar aí instalado.

A partir dos anos 20, a direcção das obras foi entregue ao arquitecto Adolfo Marques da Silva que concebeu algumas alterações ao projecto inicial não apenas dos pormenores finais das fachadas, mas também em detalhes no acabamento dos interiores e, essencialmente, ao nível de todo o programa decorativo.
Durante os longos 50 anos em que decorreram as obras, foram criadas a antecâmara dos Deputados, a Sala dos Passos Perdidos, a Escadaria Nobre, a Biblioteca Parlamentar e o Salão Nobre, sendo as últimas já concebidas e efectuadas nos anos 40 do século XX, dentro de uma nova concepção estética e utilitária característica do Estado Novo.