O claustro, situado na ala sul do palácio, no local de um dos quatro claustros originais do convento. É formado por 12 arcos de volta perfeita e 8 arcos de lintel recto assentes em pilares toscanos, segundo o desenho inspirado na tratadística serliana que se podia já observar nos projectos do arquitecto seiscentista Baltasar Álvares.

Tem uma galeria de portas e janelas com andar intermédio. Está decorado com um jardim de 4 canteiros com uma oliveira em cada e, no centro, uma fonte de finais do século XVIII, inícios do século XIX. Esta é composta por pequeno lago circular onde assenta a taça de onde surge um putto flanqueado por golfinhos, segurando uma concha com repuxo que apoia na cabeça.

Por debaixo das arcadas do claustro foram colocados bustos de três personalidades já falecidas que marcaram a política contemporânea, como Natália Correia, da autoria de João Cutileiro (1999), Alda Nogueira, da autoria de António Trindade (1999) e Adelino Amaro da Costa, da autoria de Domingos Soares Branco (1999).